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介绍

大鲵基因组注释浏览器旨在检查大鲵基因组注释的准确性。大鲵基因组浏览器包括6643条contig的注释及比对信息,包括：大鲵本身的注释信息（Annotaion）、同源注释信息（斑马鱼的注释（danio_rerio），爪蟾的注释（frog）、鸡的注释（chicken）以及人的注释（human））、转录本组装（transcript）及转录组reads比对信息（alignment-bam)。

数据说明

DANIdb主要包括以下数据:

• 1. 大鲵基因组注释---用Annotaion的标签显示;
• 2. 同源基因组注释---(1)斑马鱼基因组注释：用danio_rerio的标签显示;(2)爪蟾基因组注释:用frog的标签显示;(3)鸡基因组注释:用chicken标签显示;(4)人类基因组注释：用human标签显示；
• 3. 转录本组装：转录本组装共两类：二代转录本组装和全长转录本组装---(1)二代转录本注释有两个版本transcript_old && transcript_new；(2)全长转录本注释：用标签FLtranscription显示；
• 4. 转录组reads比对---用alignment-bam的标签显示.

大鲵基因组浏览器的使用说明

使用之前务必下载6643条contig的contig名称列表

1.下载contig ID名称列表并按顺序输入contig ID进行可视化验证检查

如果页面中没有出现如图所示的下载链接，请点击右上方的DANIdb，将会重新载入列表。

Figure 1. 下载contig ID的list图示

2.因为需要检查注释的contig并不是连续的，所以需要对照需要核验的contig ID列表进行输入，其中前500条contig已经在页面中显示，可以直接复制输入。也可直接根据下载的contig列表信息输入

Figure 2. 输入contig的图示.

2.勾选所有的track并选择注释区域.

注意：并不是所有的contig都有同源注释文件，所以出现文件信息不全的情况也是正常现象。Tips：已经根据大鲵的基因组注释建立了索引，所以可以直接在如图框中输入字母A（A为注释名字的首字母，也可输入更多信息），即可快速锚定有基因的区域，可按照顺序进行选择，不过只能显示前20个，如果contig上基因超过20个，则其余的基因区域（如果基因名字未知）需要在浏览器上进行拖拽查找。

Figure 3. 浏览器的使用图示.

(1)如出现以下情况则证明注释正确.

Figure 4. 正确注释的例子.

• 联系方式
  348068949@qq.com